Der Chorabschluss besitzt drei Spitzbogenfenster, in der Mitte dreiteilig, sonst wie im Langhaus. Im Chor selbst fällt der Blick auf den im Jahr 1691 errichteten Hochaltar aus poliertem Nussbaumholz. Der Aufbau ist von Balthasar Seydel und Bildhauer Christian Rosaller, die Bilder von Gregorio Pickard. Es handelt sich hierbei um eine Stiftung von Johann Adam Münch. Das Bild auf dem Antependium der Mensa zeigt zwei Hirsche um eine Wasserquelle vor einem mit Pflanzen Ornamentik bemaltem Hintergrund (nach Psalm 42,2). Der Tabernakelaufbau mit 4 Rundsäulen trägt einen Baldachin, von einem Lamm gekrönt. Doppelte Rundsäulen tragen reich geschnitzte Voluten und flankieren das Altarblatt mit der Darstellung der leiblichen Aufnahme Mariens in den Himmel von Schöppler als Kopie eines Barockgemäldes nach Guido Reni aus dem Jahr 1920. Die Wappenkartusche über dem Bild trägt die Initialen des Stifters Johann Adam Münch sowie die Jahreszahl 1691. Rechts und links des Aufbaus befinden sich aus Holz geschnitzte Figuren der beiden Kirchenpatronen: Antonius Erem. mit Glockenstab, Buch und Schwein sowie Johannes d. T. mit Buch und Lamm. Nach oben abgeschlossen wird der Altar mit einem Medaillon, in dem der hl. Franziskus im Augenblick der Stigmatisation gemalt ist, dieses wird mit einem geschweiften Giebel mit Ornamentschnitzerei gekrönt.